Por si le sirve a alguien.
Al intentar actualizar las librerias en Rails con el comando bundle update, si falla la instalación de Nokogiri (versión 1.6.6.2 en el momento de la publicación de esta entrada) intentad esto:
$ xcode-select --installUna vez instalado el paquete podéis probar:
$ gem install nokogiriA mi me ha funcionado! O_o